《灭门惨案之孽杀》讲述了养女阿惠被养父强暴后申诉无门，最终杀死全家的悲剧故事。
阿惠生长在一个看似健全的家庭，但实际上家人从未将她视为家庭的一员，对她呼来喝去，缺乏应有的关爱与尊重。养父麦更是在一次酒后，对阿惠实施了强奸行为，这一恶行彻底打破了阿惠原本就脆弱的家庭生活。
阿惠在遭受养父的强奸后，鼓起勇气将此事告诉了母亲，期望能从母亲那里得到安慰与帮助。然而，母亲却对此无动于衷，没有采取任何措施来保护阿惠，这让阿惠陷入了更加绝望的境地。无奈之下，阿惠只好离家出走，投靠了男友奇（吴岱融饰）。奇是一位严正的公安，他对阿惠关怀体贴，给予了阿惠温暖与依靠。阿惠因为害怕被奇嫌弃，所以隐瞒了自己被强奸的事情。
养父麦并没有因为阿惠的逃离而罢手，他食髓知味，利用强奸时拍下的阿惠的裸照，威胁阿惠再次就范。阿惠为了拿回底片，持刀迫使麦交还，但未能成功，反而再次遭到了麦的强奸。就在此时，奇赶到了现场，他开枪击伤了麦，但自己也被麦击晕。
在盛怒之下，阿惠为了保护奇，也为了彻底摆脱养父的折磨，拾起枪将麦枪杀。随后，阿惠的情绪彻底失控，她将母亲以及一众弟妹逐一杀害，酿成了灭门惨案。奇醒来后，看到眼前的一切，深知已经无法挽救，于是默默地将所有指纹抹掉。
最终，阿惠前往公安局自首，结束了这一系列的悲剧。
