电影《X档案2》的剧情主要围绕以下几点展开：
时间背景与主角关系：距离第一部《X档案》电影已有十年，本次回归，探员穆德与史考莉仍是影片主角，两人关系有了新的进展，他们互相扶持又带点暧昧的相处之道提升至一个全新的层面。
案件调查：电影开篇，美国弗吉尼亚州发生多起怀孕妇女失踪案件。当地警方与FBI调查后，案件被草草结案。但穆德与史考莉得知此案后，立刻深入调查，逐渐揭开背后的恐怖真相。
独立于原著电视剧：虽然影片维系了剧集中最受好评且受人喜爱的一些特色元素，但故事方面完全独立于原著电视剧之外，和任何篇章都没有联系。
穆尔德的儿子：穆尔德那看似拥有超能力的儿子成为另一个重要线索，这个在电视剧第8季中出现的角色，很可能是这一次神秘事件的关键所在。
