《魔法少女小圆》的大结局是鹿目圆牺牲了自己的生命，创造了一个新的世界。在这个结局中，鹿目圆向丘比许愿，希望亲手消灭所有宇宙的过去、现在和未来的魔女，从而成为了魔法少女。她的这个愿望不仅改变了魔法少女的命运，还使得自己成为了神一般的存在，改写了宇宙的规则。
由于鹿目圆的愿望，魔法少女不再需要和魔女战斗，因为所有的魔女都已经被她消灭。然而，游离在人世间的负面情绪并没有消失，它们转化为一种叫作魔兽的东西，魔法少女们仍然需要不停地和这些魔兽战斗。
在鹿目圆创造的新世界中，她自己在现实世界中的存在被抹去，除了晓美焰和鹿目圆的弟弟达也之外，其他所有人都忘记了她的存在。美树沙耶香在鹿目圆的陪伴下最后一次听了上条恭介的演奏，之后被鹿目圆接引到了圆环之理，成为了圆环之理的使者。
此外，晓美焰也获得了魔法力量，在新的世界中继续战斗。而沙耶香和杏子则成为了最好的朋友，鹿目圆的家人也在新的世界中幸福地生活。虽然鹿目圆已经不在，但她的牺牲和愿望为所有人带来了一个新的希望和未来。
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