《星际争霸》系列剧情围绕26世纪初期银河系中心三个种族在科普卢星区的霸权争夺展开，核心冲突涉及萨尔纳加种族的轮回计划与埃蒙的背叛，具体可分为游戏背景、人类战役、星灵战役三部分：
140亿年前，萨尔纳加作为高维种族降临现实宇宙，通过撒下“生命之种”引导低等文明进化。其核心机制为“轮回”：当两个种族进化至特定阶段后，萨尔纳加会引导它们进入乌尔纳（现实与虚空的交界点）进行交融合，年长者献祭生命使新生躯体飞升为新萨尔纳加。这一循环持续无数世代，直至埃蒙（堕落的萨尔纳加成员）出现。埃蒙拒绝遵循轮回规则，试图通过操控异虫和星灵打破自然进化链，最终导致宇宙秩序崩溃。其阴谋成为后续所有种族冲突的根源。
核心冲突：一支大型外星舰队（异虫）从折跃空间突袭查尔萨拉联邦移民地，摧毁人类殖民地后，联邦担忧玛萨拉移民地成为下一个目标，遂派遣玩家（司法官角色）干预。关键事件：玩家需协调联邦军队与异虫作战，保护居民撤离并调查外星舰队目的。此战役揭示异虫的侵略性及其与主宰的关联，同时埋下人类内部矛盾（如联邦腐败与泰伦帝国崛起）的伏笔。
主宰的入侵：星灵战士泽拉图在与异虫脑虫接触时，主宰通过触碰其记忆获取星灵母星艾尔的坐标，随即打开虫洞发动突袭。艾尔的沦陷：星灵因缺乏对抗异虫的经验，战斗节节败退。异虫抢夺关键资源凯达琳水晶（用于灵能操控）并攻占神庙，主宰将身体嵌入艾尔地壳，彻底控制星球。泽拉图的悔恨：作为导致艾尔沦陷的间接责任人，泽拉图陷入无尽悔恨，开始寻找救赎之路。其后续行动（如与黑暗圣堂武士合作、揭露埃蒙阴谋）成为星灵反抗军的核心线索。
剧情延伸：异虫、星灵、人类三族的冲突贯穿整个系列，而埃蒙通过操控主宰和混合体（异虫与星灵的杂交种族）试图毁灭宇宙，最终被三族联合击败。游戏通过多线叙事展现种族存亡、文明进化与个体救赎的深层主题。
