地铁3号线武林门站位于环城西路西侧，沿体育场路东西向布置，为地铁2号线与3号线的换乘站，其中2号线站台位于地下二层，3号线站台位于地下三层。
在2号线A1、A2、B、C、D五个出入口的基础上，3号线武林门站将新增F、G两个出入口。车站附近有杭州市中医院，客流主要以周边居民日常出行、购物为主。
杭州地铁3号线运营时间为6:00-22:37。其中，3号线石马站至西溪湿地南站、文一西路站至西溪湿地南站行车间隔为8分钟，西溪湿地南站至星桥站行车间隔为4分钟。
地铁3号线在新天地街站与4号线换乘、在善贤站与5号线换乘、在西湖文化广场站、武林广场站与1号线换乘、在武林门站与2号线换乘、在绿汀路站与5号线、16号线换乘。
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