文昌鱼虽然名字里有“鱼”，但它其实不属于鱼类，而是一种比鱼类更原始的脊索动物，是无脊椎动物向脊椎动物演化过程中的重要过渡物种。1. 进化地位鱼类属于脊椎动物，是更高等的动物类群。而文昌鱼属于头索动物亚门，它的进化地位比鱼类低，是研究脊椎动物起源的“活化石”。2. 身体结构文昌鱼的身体结构非常简单，和真正的鱼有很大区别。•无脊椎：鱼类拥有由一节节脊椎骨组成的脊柱，而文昌鱼没有真正的脊椎，它只有一条纵贯全身、作为支撑的脊索。•无明显头部：鱼类有非常明显的头部，并且有集中的脑和发达的眼、鼻等感官。文昌鱼的头部则不明显，没有真正的脑，只有一个脑泡，感觉器官也很不发达。3. 呼吸和循环系统•呼吸方式：鱼类用鳃呼吸，鳃丝结构复杂，能高效地进行气体交换。文昌鱼虽然也有鳃裂，但它的鳃裂数量非常多，主要用来滤食，呼吸效率远不如鱼类。•循环系统：鱼类拥有可以搏动的心脏，推动血液在封闭的血管系统中循环。文昌鱼连心脏都没有，它的血液循环主要依靠腹大动脉的搏动来带动，属于更原始的开管式循环。
