盖亚奥特曼中登场的怪兽超过50种，以下为主要怪兽的详细介绍：
外星来源怪兽宇宙战斗兽戈布（含二代）是典型外星生物，从虫洞降临地球，其蓝色发光结晶体中孕育出战斗兵器形态，双手镰刀可切割金属，体重达88000吨。宇宙雷兽巴茨斯、宇宙怪兽哥奇古蒙等同样通过空间通道入侵地球，其中哥奇古蒙以丝状触手束缚对手，巴茨斯则能释放电磁脉冲干扰电子设备。金属生命体阿帕苔、阿尔久洛斯、米莫斯具有动态变形能力，可在战斗中重组身体结构，阿帕苔曾以飞行形态突破大气层，阿尔久洛斯则模仿盖亚的招式进行反击。宇宙忍兽库罗斯沙巴伽擅长土遁术，能在地下300米深度快速移动，其突袭战术常令XIG战机群措手不及。
地球本土怪兽岩浆怪地底兽基鲁与甲壳地底怪兽仲耐尔代表地心生态系统，基鲁头部撞击可产生7.8级地震，赤色火球弹温度达3000℃；仲耐尔背甲激光能穿透10米厚岩层，体重相当于三艘尼米兹级航母。地壳怪地底兽提古利斯前肢进化出钻探器官，可在花岗岩层以每小时50公里速度掘进。地底怪兽壬龙虽仅11米高，但通过触须网络控制东京地下70%水源，其释放的次声波能瘫痪城市供电系统。传说魔兽夏扎克栖息于富士山火山口，背部鳞片可反射80%光线攻击，咆哮声引发雪崩的覆盖范围达2平方公里。
特殊类别怪兽自然控制机器系列（天界、炎山、深绿）由破灭招来体制造，天界在防总半岛制造台风时风速达80米/秒，炎山引发的森林火灾过火面积超500平方公里。破灭魔人布里茨布洛茨拳击力相当于十辆M1A2坦克正面撞击，其护甲可偏转45%物理攻击。根源破灭天使佐格第一形态身高666米，翅膀展开宽度达980米，其能量波动能扭曲空间结构。超巨大单极子生物莫奇安质量达1亿吨，移动时引发的引力异常使周边海域潮汐高度变化30米。
