EndNote X5的功能主要包括以下几点：
全面的文献管理：EndNote X5提供全面的文献管理功能，帮助用户高效地组织和管理大量的参考文献。
云端同步与存储：用户可以在EndNote Web账户内获取相关记录的文件附件和图表，文件附件可以在本地图书馆和网络环境间转移，确保用户在不同地点都能访问到相同的参考内容。此外，EndNote X5还提供了更大的EndNote Web网络存储空间，最多可存储25,000份参考文献，并提供1GB空间用于存储附件。
PDF阅读与批注：EndNote X5内增设了PDF阅读器，支持用户查看和批注PDF文件附件。用户能检索PDF文件内容，进行标记和注释，并对多个附件进行浏览，从而高效管理文档。
自动更新参考文献：EndNote X5具备自动更新参考文献的功能，简化了文献管理的流程。用户可以在线搜索更完整的参考内容，并对新旧文献进行并排对比，标记差异。此外，用户还可以选择仅更新空字段、替换所有字段或复制特定信息，这在基金申请等需要添加文章标识符的场合尤为适用。
期刊参考文献格式化：EndNote X5提供了新的期刊参考文献格式化功能，能够自动替换空字段，加快文献审查速度。用户可以在Microsoft Word内选择新的参考文献格式，并新增了多种参考文献类型，包括音乐及期刊文章参考文献式新字段。此外，Cite While You Write软件也增加了至5000多种期刊格式，进一步提升了文献写作效率。
