在口袋妖怪金心中，玩家可以通过使用模拟器和金手指触发一些特殊的事件，比如雪拉比穿越时空事件和与阪木再战的事件。要触发雪拉比穿越时空事件，需要拥有一只特定的雪拉比，这只雪拉比需要满足以下条件：捕获时等级为30，获得地点为口袋电影10（编号3008），出身地为城都地区的金或银，并且在“命运邂逅”选项中选择。随后，将这只雪拉比带到暗森林与小庙对话，就能触发剧情，主角和雪拉比一起被带回到三年前。在剧情中，可以了解到红发对手正是阪木的儿子，三年前阪木被小智击败后，离开家人在关东大瀑布的山洞中隐忍修炼。三年后，城都的火箭队残党攻占了广播塔，呼唤着阪木归来，阪木认为报仇的机会终于来了，准备重出江湖。这时，主角挡在了他的面前。阪木的队伍中包括LV40袋龙、LV42领主鸭、LV43尼多王和LV46尼多后。战胜阪木后，阪木认为自己的梦想已经破灭，失望地离去。要触发神秘水晶事件，需要通过任天堂官方活动获得神秘水晶，然后带去尼比市博物馆，与宝石系列的冠军代后对话，换取心之水滴，之后另一只水属性宝可梦出现。阿鲁夫遗迹的创世神事件可以通过特定的创世神触发，这只创世神需要满足捕获时等级为100，获得地点为口袋电影09（编号3007），并且在“命运邂逅”选项中选择。将这只创世神带到阿鲁夫遗迹，会有一个研究员冲出来，随后被传送到信徒遗迹。出门与山男对话，进入屋内，会遇见珍珠钻石的冠军希罗娜，将除创世神外的所有宝可梦存入电脑后，带着创世神随希罗娜重回信徒遗迹。在三个地方选择一个站立，选择的位置与之后获得的宝可梦有关。剧情结束后，主角被重新传送回阿鲁夫遗迹，获得1级的帕鲁奇亚、迪亚鲁加或冥王龙。另外还有电鬼剧情，通过活动或从珍钻白金中传来的电鬼带在身上，放在队伍最前面。然后去黄金市左边的联动大楼（通过WIFI中心），进入电梯，电鬼会自动带你到一个秘密房间，在那里可以为电鬼变换形态，有微波炉、电风扇、电冰箱等选择。
