1948年4月7日，出生于东北，一年后随父母南下长沙，在湖南长沙长大。
1964年，初中毕业下放湖南江永县插队落户。
1974年，回城，当过临时工、搬运工。
1979年，考取武汉大学哲学系西方哲学史研究生，师从陈修斋、杨祖陶。
1982年，获硕士学位并留校任教。
1987年，被评为讲师。
1988年，被评为副教授。
1989年，任武汉大学哲学系教授。
1993年，任博士生导师。后任西方哲学研究所所长。
1996年，开始从德文原文翻译康德的三大批判，邓晓芒和恩师杨祖陶合作，邓翻译，杨校对。邓晓芒成为中国国内第一个从德国原文翻译康德的人。
1999年，邓晓芒的一位博士研究生因为缺少核心期刊上发表的论文，被武汉大学学位委员会拒授学位。邓晓芒因学位委员会不公，愤而提出辞去博士生导师。之后，邓晓芒停招了一届博士研究生。后来在校方的劝说工作下，邓晓芒“心软”了，才同意继续招收研究生。
2001年，邓晓芒领衔在《博览群书》杂志上发表了一篇题为《是可忍，孰不可忍》的文章，对湖北省哲学（1994－98年）优秀成果评奖中的学术腐败现象进行痛斥，邓晓芒批判学术腐败的矛头直接指向了同在哲院的武汉大学前校长陶德麟。据称，在这件事情中，邓晓芒先生与陶德麟校长间可能有所误会。
2006年，邓晓芒和邓正来、方流芳、陈平原、贺卫方等百余知名教授向“国务院学位委员会、教育部、中国社会科学院，及各大学、地方社会科学院诸位领导”联合发出了一封《关于抵制学术腐败与学术不端行为的公开信》，陈言对学术不端与腐败的根本整治需要持久而坚定的教育和学术制度的改革。
2006年，在武汉举行的学术研讨会上，邓晓芒与丁东、赵诚、崔卫平、傅国涌、李工真、程亚林、赵林等众多思想学术界的学者向当时中国文学开炮。邓晓芒认为，除了对社会历史形态的批判，中国作家缺乏终极关怀和思考，缺乏对人性深层次的思考。“恐怕是因为中国文人天生有一种经不起诱惑的本质”。
2007年-2009年，邓晓芒继续进行始于20世纪80年代的对儒家的批判，论战郭齐勇（时任武汉大学国学院院长）的弟子们。用来批判的参照物，则是西方哲学和文化提出的一些普遍原则与西方文化影响下已发生巨大改变的中国当代现实生活。
2009年11月3日，因家庭原因离开武汉大学 ，转任华中科技大学哲学系特聘教授，组建了校一级的“德国哲学研究中心”。
2010年4月18日，邓晓芒《康德《纯粹理性批判》句读》出版，邓晓芒在新书发布会上发表题为“康德哲学对中国启蒙的意义”主题演讲。
2010年，“打假斗士”方舟子指邓晓芒在申报学术成果时涉嫌独吞荣誉、奖金。11月7日，邓晓芒在网站“晓芒学园”发表《给方舟子先生的公开信》，详细说明了与杨祖陶先生所谓“坑师案”始末，否认瞒着老师独自报奖。
2013年，邓晓芒在湖北省图书馆、武汉大学等地进行多次讲座，提出当代中国正面临第三次启蒙。
