上海到厦门的高铁（含动车组）运行时间因车次而异，最快约5小时16分钟，最慢约9小时13分钟，大部分车次集中在7 - 8小时。
最快车次是G1653次，从上海虹桥到厦门北，08:15发车，13:31到达，全程耗时5小时16分钟。典型车次中，D2283次也是从上海虹桥到厦门北，11:24发车，19:04到达，耗时7小时40分钟；G1659次从上海虹桥到厦门，12:55发车，18:41到达，耗时5小时46分钟。而最慢车次G1673次，同样是从上海虹桥到厦门北，11:53发车，20:15到达，耗时8小时22分钟。
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