朱舜水原名之瑜，“舜水”是六十多岁后在日本用的号。他的浙江余姚人，1644后致力于反清复明，奔走于闽浙沿海和日本、安南、暹罗一代长达十五年。1659年他参加郑成功攻打江南的战役，失败后到日本求助，此后就在长崎定居下来，传授学问。
一开始朱舜水在学生安东省庵的接济下生活。1665年，水户藩的第二代藩主，德川家康的孙子德川光圀，仰慕朱舜水的学识，聘他为宾师，执子弟礼。朱舜水于是移居江户，名声日隆。直接受他影响的著名学者包括安积绝、山鹿素行、木下顺庵、伊藤仁斋等等。
明朝覆亡、过去被视为“蛮夷”的满洲居然成了新的“中华”，这一政治巨变，给整个儒家世界带来极大的心理和文化震撼。朱舜水一方面坚守明朝正统，另一方面深刻反思有明一代儒学的问题。他认为明亡之根本原因，在于内部的腐坏，尤其是读书人的腐坏，致纲紀疲敝、民德沦丧。朱舜水虽然也尊奉程朱，但反对明朝后期朱子学堕入空理。对于朝鲜人厌恶的王阳明心学，他倒是有所吸纳，不过他也不满后期王学的虚空，强调学问应经世致用。这种实学思想，启发了日本“古学派”的兴起。
他带给日本的儒学，不是姜沆那种成体系的性理之学，而是带着沉痛的亡国之恨的批判性儒学。在他眼中，故国因内败外虏，已经彻底沉沦，反而是收留了他的日本，能够看到延续文明正脉的希望。此时的岛国，竟也成了某种理想寄托。在给安东省庵的信中，他说“贵国山川降神、才贤秀出，恂恂儒雅、蔼蔼吉士，如此器识而于学焉，岂孔、颜之独在于中华，而尧、舜之不生于绝域？”
须知在此之前，中国士大夫眼中的日本，一向是蛮夷倭种。因为明亡清兴，日本就从岛夷倭寇，一变而为域外尧舜了。这样一种思想，更加促发了日本重新认定自己在中华文明统续中的地位。儒家本强调华夷秩序，但由于有了满洲这样一个夷狄，日本反倒从夷狄的身份中解脱出来了。朱舜水鼓励日本儒士认识到，自己也有可能成为“中华”。日本所谓“脱离中国的中国化”，由此展开。
朱舜水尊王攘夷的史学思想，是日本近世史学的精神坐标。德川光圀在江户设彰考馆，编纂《大日本史》，第一位总裁，便是朱舜水的得意门生安积觉，而前六任总裁，竟全是朱门弟子。《大日本史》是日本“水户学”的奠基之作，其思想主轴就是维护皇朝正统的“大义名分”。“大义名分”之论直接导引出19世纪倒幕、维新时“尊皇攘夷”的政治口号，也成为此后日本亚细亚主义的思想源头之一。
朱舜水与林氏一派幕府官学也有交集。林家第二代掌门是林春胜（鹅峰），其子春信便受学于舜水，可惜早夭。春胜的另一个儿子、后继任大学头的林凤冈，则和木下顺庵等朱门儒生常有往来。林春胜、林凤冈父子利用职务，收集整理了当时由到长崎的商船带来的中国情报，并以《华夷变态》命名这本口述资料汇编。很明显，这体现日本学者对中国“是华变于夷之态”的认定，与朱舜水的思想高度吻合。
朱舜水和日本的相遇，虽属偶然，却串联起本地早期现代的多重历史背景。他们的相遇能成为东亚现代思想兴起的契机，这些背景缺一不可。
