作为一个哲学爱好者我也只能提些个人看法仅供参考。
从个人所接触的哲学观点上看，私以为对于认识论和方法论来说，根源在于西方哲学并没有明确的划分认识论与知识论的区别，所以导致方法论上的模糊性。
对于事物的理解以抽象的角度考虑，在哲学上我认为“知道”和“知道什么”都处于相同的论域内，参照哲学史上的唯名论和唯实论之争，本质上是要指向同一个事实，这个事实就是如何达成对认识的表达问题，最后的终结者就是笛卡尔所提出的“我思”，以此给名实定了一个结构性的基调，认识是人的思维通过上帝构成的广延，以思维的基准通过上帝确立认识的来源问题，延伸出经验论与理性论，发展到这一步实际解决了认识论的来源和形成问题。
康德时期由于怀疑论对认识的构成发起了责难，随后便由其收缩了认识的触角，将认识分解为思维和物自体，此时物自体的存在实际上给自然哲学的论域留下了空间，为自然科学的建构提供了可能，否则将自然哲学纳入到一种理说认识中就会消弭科学的客在属性，比如黑格尔对科学领域的染指。
从一种理识的定性认识，收缩为用于判断的知识以后，实际上是给思维的客观性提出了可能，通过物自体的存在确立知识的实践意义，在认知与实践之间就给方法论提供了可能。
以个人所接触的哲学来看，普遍认为语言学转向是方法论的开端，但要深究方法论的性质个人认为首先明确提出方法论用于哲学的是黑格尔，虽然只看过译本我记得《小逻辑》中有一句：是世界观，是方法论，是真真正正的辩证法。其真实性作为相关知识题主可以自己确认一下，我个人认为反思所体现的辩证性，不在于对辩证本身的认识，而是对认识结论间进行比对的这一过程才是方法本身，无限进行这种比对的过程作为一种方法是贯彻思维始终的存在。
从亚里士多德的形式为开端，先哲所谓的思辨、笛卡尔的怀疑、经验主义的归纳等等，都是介于概念之间的这种比对，这便是思维的方法论，而最为显现的便是语言学和逻辑学的形式归纳，但语法和公式不是表达本身，而只是整合表达的途径，纯粹的方法论我个人理解就是关于认识之间的认识吧，或许这才是真正的形而上学。
以下是个人的一些思考作为展开吧。望有所帮助。
步社行悟：哲学四则：认识论与方法论的同一性
步社行悟：哲学四则：比对哲学
