《九层妖塔》的故事梗概如下：
1979年，昆仑山发生神秘生物骸骨事件，吸引了众多探险者和科学家的关注。由胡八一（赵又廷饰）率领的探险队深入昆仑山腹地，目的是寻找有关古生物遗迹的更多秘密。然而，在探险过程中，他们遭到了不同神秘生物的轮番攻击，并意外坠入了一座被称为九层妖塔的神秘建筑。除胡八一外，一行人的生死成谜。
胡八一退伍后回到北京，重逢了发小王凯旋（冯粒饰）。此时，一个神秘人（李晨饰）和一支科考队（包括凤小岳、唐嫣、李光洁等人）的出现，让胡八一重新踏上了探寻未知文明的征程。在途中，他邂逅了Shirley杨（姚晨饰），熟识的面孔唤醒了他身处探险队那段日子的记忆。
随着探险的深入，胡八一、Shirley杨和王凯旋等人发现了一系列与九层妖塔有关的秘密。他们了解到，九层妖塔封存的是鬼族的秘密，而这座塔始终在等待那个能够打开它的人。在妖塔之中，他们再次遭到了神秘生物的袭击，并逐步揭开了关于鬼族和人类之间的一段尘封千年的秘密史。
原来，在一万年前，地球人曾被先进的鬼族统治并沦为奴隶。后来，后羿带领最后的战士殊死反击，牺牲自身将外星传送塔（即九层妖塔）封印，并成功击败了鬼族。然而，依然有一些残存的鬼族与人类交配后取得了人形并隐藏在民间，他们伺机解除封印以重振鬼族统治并迎回鬼族大军。
胡八一等人逐渐意识到，他们的探险之旅实际上是一场与鬼族之间的较量。在经历了一系列惊心动魄的冒险后，他们终于揭露了鬼族的阴谋，并成功阻止了九层妖塔的封印被解除。然而，在这场较量中，他们也付出了惨重的代价，许多探险队员不幸牺牲。
影片的结尾部分揭示了九层妖塔的最终命运以及胡八一等人的未来走向。虽然他们成功阻止了鬼族的阴谋，但九层妖塔仍然是一个充满未知和危险的地方。胡八一等人决定继续他们的探险之旅，以探寻更多关于这个世界的秘密。
总的来说，《九层妖塔》是一部融合了惊悚、冒险和奇幻元素的电影，它通过讲述胡八一等人探寻九层妖塔秘密的冒险之旅，向观众展示了一段人类与鬼族之间跨越千年的秘密史。
