健康码的未来走向尚不明确，但大概率会逐步回归卫生健康服务本质或退出历史舞台，同时需严格保护数据安全。
定位偏差：行程卡分析的是手机信令和话单数据，由运营商通过用户所用手机号所处的基站位置获取。由于基站信号可能交叉覆盖、信令数据精度有限、数据更新延迟等技术原因，服务数据可能存在一定偏差。例如行政区划交界处两地基站信号交叉覆盖，手机可能在未漫游情况下使用相邻城市基站信号；在一个城市驻留时间未超过4小时不会被记录。
应用表层：一直以来，行程卡的大数据应用处于非常表层的阶段，未进行深入挖掘和延展。要使其有实际使用意义，需描绘出人员行动的电子轨迹和时间长度，这涉及处理大量数据并加大和多种其他数据的比对，技术层面虽可做到，但需要运营商极大投入。
开发主导：国内多地的健康码由各地政府主导开发，企业提供技术支持。
运营方问题：一些地方健康码运营方的法人角色较模糊，缺乏明确的责任承担方。
赋码规则：健康码赋码规则主要由各省级行政单位制定，不同省份主管单位不同，如北京市“健康宝”主管单位为北京市经济和信息化管理局；江苏省“苏康码”主管单位为江苏省疾病预防控制中心等。
数据涵盖范围：个人健康码数据包括个人基本信息、个人健康信息等，涵盖大量个人信息。健康码背后涉及上亿人的个人信息，包括详细的流调信息、支付信息、通勤信息等，一旦泄露会影响到国家安全。
企业接触数据：2020年初疫情来临时，全国各地亟需数字化企业迅速构建健康码系统，尽管如今有一些管理机制存在，但不排除一些企业有机会接触到个人数据，需要相关部门对涉及其中的第三方运营方加以监管。
形式不统一：各地健康码形式并不统一。
功能泛化：健康码功能被逐渐扩容，并日益泛化，在一些地区，还会被整合到当地的就医服务、公共交通，甚至支付方式中。
政策导向：国家卫健委等部门联合印发的《“十四五”全民健康信息化规划》提到，到2025年，初步建设形成统一权威、互联互通的全民健康信息平台支撑保障体系，基本实现公立医疗卫生机构与全民健康信息平台联通全覆盖，每个居民拥有一份动态管理的电子健康档案和一个功能完备的电子健康码。不过，接近国家卫健委人士回应称，所谓“电子健康码”并非防疫期间所用的“健康码”，疫情防控“健康码”主要用于疫情防控，关联新冠疫苗接种、核酸检测信息；“电子健康码”主要用于医疗健康服务，包含识别、结算、服务的功能，关联居民电子健康档案、电子病历等医疗服务信息，已推行多年。
专家观点：有专家认为未来健康码首先应回归到出于卫生健康的目的而使用，比如说就医没带医保卡，用健康码刷医保卡、扫码挂号付费等，且应用场景应是非强制性使用，只是给民众提供一个多样选择。
数据处理建议：随着新十条的落地，类似核酸信息、场所码等数据都应该销毁、封存或者彻底脱敏。真正属于疫情后采集的数据，主要是核酸检测数据和场所码信息，现在关键是这两类留存的数据接下来怎么办。
损害不确定性：有观点认为随着疫情防控结束，目前使用的健康码，理应退出历史舞台，因为健康码对个人信息或隐私的损害，有着诸多不确定性。
专家建议：未来可考虑进一步完善隐私保护数据机制，像健康码数据的储存、管理等职责，应交给国家权威部门承担。但不建议对如此庞大的信息数据全面整合，并描绘出具体的画像，这在全球范围内也很少见。
法规要求：从国家乃至地方都出台了明确规定，根据《个人信息保护法》总则第六条，处理个人信息应当具有明确、合理的目的，采取对个人权益影响最小的方式，收集个人信息，应当限于实现处理目的的最小范围，不得过度收集个人信息。国务院联防联控机制综合组在2021年1月印发的《新冠肺炎疫情防控健康码管理与服务暂行办法》，第二十四条明确加强个人隐私保护，为疫情防控、疾病防治收集的个人信息，不得用于其他用途。
