《消失的孩子》最后真相是：消失的孩子杨莫出现在袁午家，嫌犯许安正被制服归案，杨远一家团圆，袁午受罚，林楚萍走出阴影。
在这起案件中，凶手是许恩怀的父亲许安正，许恩怀是帮凶。许恩怀父母离婚，她与父亲生活，羡慕杨莫有温馨家庭，希望被杨莫父母收养以逃离自己不幸的家庭，便促成了杨莫的消失，想替代杨莫和其父母生活。杨莫患有多动症，因父母教育方式分歧产生逃离念头，在许恩怀的诱导下走向危险。
杨莫消失后，引出另外两起案件，即袁午的藏尸冒领退休金案和林楚萍的女房东被性侵案。袁午生活在父母溺爱中，因沉迷赌博妻离子散、父母离世，失去依靠后选择逃避现实，藏起父亲尸体冒领退休金。不过他心底良知未泯，关键时刻救了杨莫一命。林楚萍遭遇侵犯后，起初因害怕异样目光不敢报警，最终在家人陪伴鼓励下勇敢面对未来。
结局时，三起案件时间线明朗，许安正被制服，杨莫回到父母身边，袁午因违法行为受到惩罚，林楚萍了解被侵犯真相，走出阴影。每个人都从这场消失案中获得了新生，该剧透过悬疑表象展现了“爱与救赎”的主题以及诸多社会议题。
