深圳的二本学校有以下四所：
南方科技大学南方科技大学简称“南科大”，是国家高等教育综合改革试验校、广东省高水平大学重点建设高校，由广东省领导和管理，是深圳市创办的一所创新型大学，目标是迅速建成国际化高水平研究型大学。学校以理、工、医学学科为主，兼具部分特色人文社会学科与管理学科。2010年12月教育部同意筹建，2012年4月正式建立，并被赋予探索现代大学制度和创新人才培养模式的目标。2018年5月获批博士学位授予单位，成为国内最快获得博士授权单位的高校。
香港中文大学（深圳）香港中文大学（深圳）简称“港中大（深圳）（CUHK-Shenzhen）”，是经教育部批准设立、传承香港中文大学办学理念和学术体系的大学，为广东省高水平大学重点学科建设高校。学校于2012年9月28日获批筹建，2014年3月21日正式设立。采用与国际接轨的理事会管理机制，实行理事会领导下的校长负责制，特色包括国际化氛围、中英并重的教学环境、书院制传统、通识教育、新型交叉学科设置和以学生为本的育人理念。
深圳北理莫斯科大学深圳北理莫斯科大学由深圳市人民政府、莫斯科国立罗蒙诺索夫大学和北京理工大学三方合作举办，是具有法人资格的非营利高等教育机构，由广东省人民政府依法管理。学校于2017年起面向全球招收本科生和硕士研究生，2018年启动博士招生工作。
