傅香君和云飞扬最后没有在一起。在《天蚕变》的剧情发展中，虽然云飞扬和傅香君两人之间有着深厚的感情基础，但他们的命运最终并未交织在一起。
一方面，云飞扬在剧中的经历充满了波折与战斗。他为了救少林寺，大破不老神仙的“七刹琴音”，但这一战也让他付出了生命的代价，命不久矣。这样的结局使得他与傅香君的未来充满了不确定性。
另一方面，傅香君在云飞扬归隐后的江湖中，也经历了自己的历练与成长。她在解救被白莲教苦海双妖掳走的童男童女时，遇到了安乐侯徐庭封。两人共同经历了许多艰难险阻，逐渐产生了深厚的感情。这种同甘共苦的经历，让傅香君与徐庭封之间的感情日益加深，最终她选择了与徐庭封在一起。
综上所述，傅香君和云飞扬虽然有着一段令人难忘的感情经历，但最终他们并未走到一起。这是剧情发展的需要，也是人物命运所使然。
