《铁齿铜牙纪晓岚2》故事梗概如下：
《科场奇案》：乾隆皇帝举办恩科考试以招贤纳士，和珅积极响应，而纪晓岚则持反对意见。考生刘进薪揭露了科场舞弊事件，却因此遭到总督敏德的迫害。纪晓岚决心查明真相，最终成功揭发科场弊病，使敏德伏法。和珅因受贿罪证被毁而更加嚣张，意图通过科考培植自己的势力，与纪晓岚形成对抗。
《书魂》：乾隆准备修纂《四库全书》，纪晓岚被任命为总纂官。和珅暗中使计，将颜如玉安插在纪晓岚身边。纪晓岚巧妙设计，排除干扰，成功招揽真正有学之士。然而，颜如玉在和珅的指示下开始暗中破坏，使得纪晓岚陷入风波。
《元宝迷踪》：内务府齐苏图家私吞国库银两之事败露，和珅极力为齐家开脱。纪晓岚在调查过程中被捕入狱，齐家企图通过投毒掩盖罪行，但被纪晓岚识破。纪晓岚装疯卖傻，了解隐情，并围绕丢失的国库元宝与和珅等人展开明争暗斗。
《都院内外》：纪晓岚调任都察院任左都御史，和珅及其党羽欲排挤他。大学士阿桂亲戚海升之妻自杀事件被和珅利用，指使贵宁诬告海升谋杀妻子。纪晓岚主持验尸，结果为自缢。和珅则指使贵宁告御状，并暗中对尸体动手脚以诬陷纪晓岚。纪晓岚因此陷入了一场正义与邪恶的较量。
《情债风流》：纪晓岚奉命调查浙江巡抚卢焯贪污事件，和珅指使美女张了了收买他。纪晓岚对张了了产生怜爱之心，引发了小月的醋意。张了了被迫阻挠纪晓岚的调查，卢焯则挟持富春县的女儿瑶琴以迫使富春县替罪。小月救下瑶琴并劝其去京城告御状，过程中误会百出。最终，张了了被纪晓岚的正直所感动，暴露了和珅的阴谋。
