植株高度范围从5厘米至40厘米不等，茎直立，由基部分枝，分枝通常斜展或上升，初期覆盖星状毛，后期则变得光秃。叶柄相对较短，叶片呈现卵形、椭圆形或矩圆状披针形，长度在0.5厘米至3.5厘米之间，宽度在0.2厘米至1厘米之间，先端为钝形或渐尖，具小尖头，基部则为楔形或渐狭，边缘平滑，背面叶脉明显，两面皆被星状毛。雄花序为穗状，花被片有3片，膜质，矩圆形，先端钝，基部渐狭，背面被毛，后续则秃净。雄蕊共有3枚，与花被片相对生，伸出花被外。雌花的花被片同样有3片，其余特征与雄花相似。果实为宽椭圆状倒卵形，长度在1.5毫米至2毫米之间，宽度约为1.5毫米，两侧面具有同心圆状皱纹，顶端带有2个小的三角状附属物。此植物的花果期通常在7月至8月。从描述中可以看出，杂配轴藜在形态特征上具有明显的特征，包括其茎的直立性、叶的卵形或椭圆形以及果实的特定形状等，这些都是其性状的显著特点。通过这些描述，可以直观地了解到杂配轴藜在形态上的主要特征，进而对这种植物有更深入的了解。
