我不是清史或者思想史的专业研究者，仅就《中国近代思想与学术的系谱》这一本书而论，属于好但又不那么好的程度。
在上海三联版《中国近代思想与学术的系谱》的封底上列了六个问题，第一个问题是：“清儒拼命著述而不管现实的风气遭遇了怎样的危机和批评？”。第六个问题是：“自由之思想、独立之精神为什么在近代中国举步维艰？”。这两个问题对应本书主文的第一篇《方东树与汉学的衰退》和最后一篇《“主义崇拜”与中国近代学术的命运》。在第一篇文章中，作者对第一个问题给出的答复是：
而在最后一篇文章中，作者则提出“学问之独立王国”的思路，并且引用顾颉刚对这一理想的描述：
这一篇文章之后又把这一“学问之独立王国”的思路与陈寅恪“自由之思想、独立之精神”联系在一起。那么问题来了，为什么乾嘉学派因为“学术自学术，社会自社会”受到批评，而陈寅恪“为学问而学问”却得到赞扬呢？如果不考虑作者其他作品和著述，仅就本书所载内容而言，作者并没有辨析这两种乍看起来很类似的观念有什么差别。
在最后一篇文章紧接着对“学问之独立王国”的介绍，作者提到陈寅恪等人的理念在当时就被批评为“乾嘉余孽”，而且面临两种挑战。其一是政治危机动摇了许多知识分子原先对学术独立自主的信念；其二是近代中国思想界存在“主义崇拜”。对于这两种挑战，作者有着明显的倾向性。在后文中作者对第一种挑战不置一词，而是用将近二十页的篇幅详细阐述“主义”对思想文化领域的干预。所以就最后一篇文章内容而言，作者显然更希望读者了解和接受的是第二种挑战，而非第一种挑战。但在另一方面，第一种挑战才是贯穿《中国近代思想与学术的系谱》全书的主线之一。从第一篇文章起，读者可以不断的发现，中国近代思想的发展与近代知识分子救亡图存、振兴民族、革新风俗、再造社会之间极其紧密的关系。第一和第二种挑战是有内在联系的，而且相互纠结在一起，存在着醒目的张力，然而作者在最后一篇文章中却放弃了这种张力，并且选择了“主义崇拜坏、学问独立好”这样善恶分明的叙事。至少就我的感觉，《“主义崇拜”与中国近代学术的命运》作为主文的最后一篇文章，并不让人感慨，反而有些讽刺。如果只是这么草率的谈“真理”和“学术”，乾嘉学派难道不追求“真理”？难道不研究“学术”？
更要命的是，作者极力想要强化的“主义崇拜”概念在全书中其实没有得到任何详细的阐释。全书一共只有两篇相对详细的介绍了这个概念，分别是《思潮和社会条件》和《“主义崇拜”与中国近代学术的命运》。但是这两处全都把“主义崇拜”当做不言而喻的结论和论断，而非阐述的对象。如果是一篇政论文章或者杂谈文章，这样的论断足以符合读者的审美和情趣，但是作为一本思想史的作品，这种“不言而喻”的独断就非常令人失望了。为什么“对‘主义’的崇拜成了新道统”？为什么“新青年认为有主义总比没有主义好”？这些才是思想史的要害，不解释这些关键，光写陈寅恪在建国后多么痛苦挣扎，只是很平庸俗套的观点罢了。
事实上，这本书中独断下结论，以至于语焉不详或者前后矛盾的地方并不少，可以再举两个例子。一处是《近代中国私人领域的政治化》一文中提出在1949年在以后，以公开私人领域求得道德转化的传统有一个重大转折，就是私人领域的政治化。问题在于，从该文之前十页的内容可知，“将隐私公开化以供他人批评”的传统从创立之初就是高度政治化的。明儒的乡约就是充满强制力的制度，甚至作者本人都承认乡约是地方行政的一部分。作者所谓自愿的道德发展被政治控制所替代的规律更像是无视材料强行总结出来的规律。而且退一步说，即使存在这一规律，作者也没有解释从自发自愿到政治控制的转化到底是如何发生的，又仿佛这一过程不言而喻一般。
另一处是《近代知识分子自我形象的转变》一文。在本文倒数第三页，作者还说近代知识分子有两种倾向，一种是文化精英主义，另一种是知识分子自我贬抑。到了倒数第二页，作者再次断言：“李大钊、陈独秀、瞿秋白、恽代英等思想家对知识分子所持的论点（即自我贬抑），在后来基本上是延续未变，并且形成国家政策。为什么后一种倾向占据上风，并且延续未变却付之阙如。这显然也不是写思想史的写法。
以上这几个例子的问题是完全相同的，即作者在动笔行文之前，已经事先预设了“好事”、“坏事”、“好人”、“坏人”的立场和判断。虽然在道德直觉上，我基本同意作者的善恶是非判断，但是作为一部思想史的作品，不解释观念的源流变革却是明显的纰漏。
当然，以上写了那么多，意思是这本书不够好，绝不是不好。相反，《中国近代思想与学术的系谱》本身是一本条理脉络清楚、文笔清晰流畅的好书。但恰恰因为这本书把大多数议题处理得很清楚，让人可以读出议题的核心，才凸显出这些核心缺乏更细致的阐发。
