酿酒时候从大曲的制作到成曲的贮存管理，都是一个敞口开䍎放作业的过程，所以微生物不难进入到大曲生产的全过程。归纳起来，大曲微生物的来源主要有空气、水、原料、器具和房屋环境等方面，而且一般规律空气细菌多，原料霉菌多，场地酵母菌多。而且那季节不一样也会对细菌有影响，冬天细菌肯定比夏天多，夏天霉菌酵母啥的肯定比冬天多；还有就是水的问题，天然水里头的杆菌就要比较多，土地水里头微生物的品种和数量都比较多，所以这也是很多酒业比如说口子窖就用仙指泉的水酿酒，都是一个道理。再来就是蕞多的，原料里头的微生物了，这是大曲微生物的主要来源。
