有，但是在明末的环境下尚属可以勉强接受。
比较明确的有两件事。其一是1643年攻占宝丰后，孙传庭仅因怀疑有闯军卧底就杀死了一部分降卒，并屠戮了百姓，这件事明确是孙传庭所为。其二是1643年攻占唐县之后，孙传庭部将折增修因唐县城中有农民军家属进行了屠城，不知道是否出自孙传庭授意，但孙传庭至少是默许了。
此次作战中，有明军大规模搜集民间粮食的记载，其中是否有杀戮行为未能考证（按常理当有，因为明军最后都到了饭都没得吃的程度了，不抢劫是不可能的，抢劫时候没顺便杀人也不太可能，但没找到明确的记载）。孙传庭对这一问题到底采取了什么态度，也没找到记载。没有记载是正常的，在当时的情况下，抢女人抢粮食这种事哪用督抚这种级别下令。
前期孙传庭任陕西巡抚的时候，有抨击官军普遍军纪败坏，杀人、放火、奸淫、掳掠、杀牛的记载，有一些指出了具体是哪支官军的军纪败坏，如左良玉、曹变蛟、赵大胤、王朴等部，有一些则没有说明是哪一支官军，其中有可能有孙传庭的部下，也有可能没有。而杀人放火到底是出自哪一级别的命令，也无法考证。
同时，孙传庭也没有像卢象升那种特意强调军纪严明的记载。孙传庭麾下的一些部队，比如高杰，是以军纪败坏著称的。虽然从来没见孙传庭鼓励他们，但是也没见孙传庭约束他们，诛杀部下将领的原因一般都是不服从指挥、临阵脱逃。
由此判断，孙传庭在军纪方面大约就是明末文臣的平均水平，一般不会主动下令为抢劫屠戮，但是会杀害他认为“通匪”的人，不管这些人是什么身份。对手下武将的约束并无特别之处，其部队中杀人抢劫的现象应该是存在的。
