长江三峡的考古发掘中，一件看似普通的庞然大物引起了考古学家们的注意，仔细一看，原来竟是麦子仲肥的遗物。这位麦子，人称“麦兜”，是历史上一位饱读诗书但又不乏奇思妙想的思想家与发明家。正当众人讨论该如何处理这件发现时，一位名叫麦兜的小朋友，正是麦子的后裔，正在香港与妈妈麦太一同度过悠闲的时光。麦兜性格温和，行动迟缓，智力被评定为多元低智能，而麦太也常常遭遇各种挫折。为了麦兜的未来，麦太决定带他回到故乡，开启一段新的旅程。他们来到了武汉，麦太将麦兜送到了“太乙春花门”武术学校寄宿。山上生活清苦，麦兜对武术毫无兴趣，却在炼丹房找到了乐趣，偷偷煮方便面。“世界幼儿园武术大赛”即将举行，“太乙春花门”的小朋友们均表现不佳，麦兜也因此受到了重罚。他偷偷下山寻找电话，希望妈妈能接他回家。山下，麦兜无意间得知了道长年轻时的故事：他曾与国际武术巨星李小麟约定在罗湖比武，失败后闭关思考，最终决心革新太极拳。原来，一直鼓励麦兜的熊宝弟弟竟是道长所扮。得知真相后，麦兜深受感动，决定回到山上，认真地学习推手。不久，“国际幼儿园武术大赛”即将举行，麦兜决心在比赛中展现出自己的实力。比赛当天，麦兜遭遇了来自世界各地的小选手。就在大家以为他必输无疑时，麦兜的祖宗麦仲肥遗留下的巨物突然发出声响，原来它每三千六百年才报一次时，每一声代表一秒。在那一刻，麦兜领悟到了太极拳的真谛，也明白了自己的生命之道。回到香港后，麦兜和麦太以自己的步调，共同迈向未来。
