《大唐女巡按》第36集剧情围绕案件侦破、人物情感纠葛及命运抉择展开，主要情节如下：
案件侦破与处置武帝得知岐州案后大怒，命谢瑶环缉拿真凶并亲自督察。谢瑶环以老仵作临死留下的验尸单为突破口，金士钊拒不认罪；随后带出未死的魏朴，金士钊开始慌乱；再出示魏朴的粮库账簿和带有礼单的扇子，人证物证俱全，金士钊情知不妙。最终，谢瑶环宣判金士钊，命人将其押往闹市斩立决。谢瑶环还启奏武帝，指出岐州案有幕后主使，并带来相关证据，请求准许继续侦破于昭德一案。武帝下旨厚葬江参军，重赏谢瑶环，了结岐州大案，并让谢瑶环将物证等移交给武承嗣侧查。
人物情感与误会解除唐敏担心秦明安危，谢瑶环告知秦明一直在执行特殊使命。原来金士钊派人给谢瑶环下毒时，谢瑶环与秦明密谈，得知秦明有苦衷，便让秦明配合演戏，与关中帮周旋。当崔继找到秦明，谢瑶环让秦明将计就计，假装效忠武承嗣以探知对方阴谋。崔继为试探秦明，命他暗杀彩蝶，却误伤谢瑶环，唐敏由此误会秦明，此时才知真相。
其他情节发展武帝喜欢小佛爷的古灵精怪，要其随自己回宫。彩蝶请求谢瑶环帮忙撮合与连庭飞的婚事，谢瑶环强颜欢笑，答应事情了结后再说。皇上病重，武帝返宫并手书“倦鸟回笼”密诏留与谢瑶环，暗示她了结未了之事，与连庭飞斩断情丝。谢瑶环更担心武承嗣对秦明下毒手，思虑如何帮助秦明、唐敏逃脱厄运。谢瑶环与连庭飞相约湖边，连庭飞因能与谢瑶环远走天涯而兴奋，谢瑶环却痛心难启齿说出密诏内容，只让连庭飞发誓帮她完成一个承诺，连庭飞满口答应。唐敏发现秦明不见后着急，月仙让秦明和唐敏隐姓埋名。
