《使徒行者》的结局是：卓凯成功将瑞安及其犯罪集团成员拘捕，但瑞安逃脱，最终卓凯成功除掉了瑞安，而家强与小嘉则继续面临追杀。
首先，在电影的高潮部分，佘诗曼饰演的丁小嘉被卓凯胁持带到家强的地下室中，原本看似遭遇了不幸。然而，卓凯此举只是为了获取瑞安的信任，以便能够深入犯罪集团内部，因此他并未真正伤害丁小嘉和家强。当瑞安得知丁小嘉和家强“被杀”的消息后，他非常满意，殊不知这正是卓凯计划的一部分。
其次，卓凯凭借自己的智慧和勇气，成功打入了瑞安的犯罪集团，并逐步收集到了足够的证据。在时机成熟时，他联合警方对瑞安及其犯罪集团成员展开了拘捕行动，大部分犯罪分子都被绳之以法。
然而，瑞安却狡猾地逃脱了警方的追捕。得知瑞安逃脱的消息后，家强与小嘉继续处于危险之中，因为他们作为警方的卧底，已经暴露了身份，成为了瑞安追杀的对象。
最后，救人心切的卓凯决定以身犯险，他主动出击，与瑞安展开了激烈的较量。在这场生死较量中，卓凯凭借出色的身手和智慧，最终成功除掉了瑞安，为正义赢得了胜利。然而，电影也留下了悬念，家强与小嘉虽然暂时摆脱了瑞安的追杀，但他们仍然需要面对未来的不确定性和挑战。
