余乐醒于1959年在狱中因病去世，1986年4月被平反，按起义投诚人员政策对待。
余乐醒晚年生活波折。1946年戴笠坠机死后他重获自由，之后与中共地下党取得联系，秘密掩护中共地下电台。1949年上海解放，他接受策动沈醉起义的任务，不过并未成功。此后，他被安排在上海一家机械厂工作。
然而在1955年“肃反”运动中，他以“潜伏”嫌疑被捕入狱。1959年，余乐醒在狱中因病离世。直到1986年4月，公安部复查决定，其“潜伏”问题无事实证据，对他予以平反，并按起义投诚人员政策对待。这一结局反映了历史的复杂性，同时也体现了对历史人物公正客观的评判和对待。
