南麂列岛地处来热带海域，汽候温和湿润，四季分明，属于典型的中亚热带海洋性季风气候。特征是：冬暖夏凉，年平均气温16.5℃，极端气温2.7℃和34.1℃，日极端最高气温在30℃以上天数不多。二是雨水充沛，光照充足，年平均降水日数为148.6天，年均降水量1063.4毫米，为浙江省海岛中降水量最丰富的地区，主要降水期集中在5-8月，占全年降水量的73%。无霜期365天，四季比大陆推迟40天。三是灾害性天气时有发生，主要是受台风袭击较频繁，据多年气象统计资料，均每年3.3次，5-11月都有台风影响，主要集中在7-10月份，最大风力12级以上。
