菏泽学院共有4个校区，分别位于以下地址：
主校区（牡丹校区）：位于山东省菏泽市牡丹区大学路2269号。这是学校的主校区，承担着普通本科、专升本层次的教学任务，是学校的核心教学区域。
东校区：位于山东省菏泽市牡丹区中华路1166号。东校区作为学校的另一个重要组成部分，同样承载着重要的教学任务和学生活动。
单县校区：位于山东省菏泽市单县文化路30号（也有说法认为位于单县经济技术开发区）。单县校区以职业教育和校企合作项目为主要特色，为学生提供了更多实践机会和职业发展路径。
郓城校区：位于山东省菏泽市郓城县经济开发区（也有说法认为位于郓城县东门街南段9号）。郓城校区主要开展专科层次教育及部分师范类定向培养项目，为地方经济发展和人才培养做出了重要贡献。
以上四个校区共同构成了菏泽学院的完整教育体系，每个校区都有其独特的定位和特色，共同为培养高素质人才提供有力支持。
