农村卫生院的管理归属需分情况讨论，不同管理体制下其主管单位有所不同。
在传统管理体制下，乡镇卫生院作为基层医疗卫生服务机构，属于公益一类事业单位。其人事权通常归属县卫健委，院长由卫健委党组提名任命。同时，乡镇卫生院接受镇政府和县（市）卫生局的双重管理。其中，卫生系统实行垂直业务管理，即县（市）卫生局对乡镇卫生院的业务工作进行指导和监督，确保其按照卫生系统的规范和标准开展医疗服务；本级政府机构，也就是镇政府，则对乡镇卫生院进行行政管理，涉及卫生院的基础设施建设、周边环境协调等方面的工作。这种双重管理模式旨在充分发挥卫生系统专业指导和地方政府行政协调的优势，保障乡镇卫生院能够更好地为当地居民提供医疗卫生服务。
在部分地区改革后的管理体制中，以福建省三明市等医改试点地区为例，根据《关于深化紧密型县域医共体人员管理的意见》，医共体范围内的乡镇卫生院管理权发生了重大变化。其管理权从县（市、区）卫健部门转移至总医院（医共体）。总医院对乡镇卫生院的人事、财务、物资、业务、绩效及管理等方面进行全面统筹。这种管理模式有助于整合县域内的医疗资源，实现资源的优化配置和高效利用，提高基层医疗卫生服务的质量和效率，推动县域医疗卫生服务体系的协同发展。
