游戏开始，主角在后山偶遇张松溪，他受伤严重，被主角带回疗伤。张松溪告知需龙须草治伤，并在临别前教主角一套拳法。出门后，主角与村内NPC交流，往西边山野猪岭前行，于西郊深处击败蟒蛇，获得龙须草。回家后，张松溪伤愈，送主角手套，并前往东面武当。途中，主角教训了两个守门弟子，进入密室，打开蜡烛机关，遇见张松溪。两人一同前往武当大殿，张三丰传授主角八卦掌，并与六位弟子交谈获得道具。得知武当三位师兄中毒，可能与峨嵋派有关，主角前往调查。在峨嵋，主角与两个弟子和周芷若对战，师太提出帮助她取得倚天剑便送解毒药，周芷若协助主角。在大殿上行，主角发现密室入口，最后房间获得“未开封的倚天剑”。主角打碎密室石头，交给师太，获得解毒药，与周芷若一同回武当救人。在下山途中，主角偷听到关于逍遥山庄的扬刀大会，进入山庄内室，发现“未开封的屠龙刀”。被白眉鹰王殷天正发现，要求九转还魂丹换周芷若，主角在村庄药店购买，成功救出周芷若。回武当，将解药交给张三丰，得知需唐门解药根除毒素，主角前往唐门，收集10个熊掌，换取解药，成功救治师兄。张三丰提及武林各大门派准备讨伐明教，主角前往桃花岛，先去少林密室，获得九阳神功，收集3块千年寒铁，得到倚天剑。在佳兴码头雇船，到达桃花岛，得知明教由来及金毛狮王谢逊下落。主角收集10个高品质玄晶，换取狮子吼神功秘籍，前往乐游山庄，击败丹青生、秃笔翁、黑白子、黄钟公4人，获得七伤拳秘籍。在明教，主角阻止杨肖抓走小昭，并与杨肖对战。小昭帮助主角打开暗门，进入禁地，遇见成昆，击败后，成昆逃走并锁死石门。主角击败青翼蝠王韦一笑和杨肖，获得圣火令和乾坤大挪移，被教众推举为明教教主。至此，游戏结局。
