《入青云》大结局是合虚六境危机解除，整体为圆满HE结局。
主角方面，明意与纪伯宰联手破解了吞天阵，还揭露了极星渊祭祀阴谋以及尧光山身份错换的真相，原来纪伯宰是尧光山真太子“明献”，明意是博氏后人。之后，二人用“同心阵”牺牲部分福泽换来了六境和平，最后他们放弃权力归隐山林，开启了“晨起耕读、暮时对饮”的平凡生活，姻缘石重刻名姓也印证了他们会永恒相守。
副线CP中，沐天玑（极星渊公主）和言笑（玄霄医族）携手治理极星渊，他们以权谋护民生，虽然没有成婚，但成为了事业伙伴；章台与郑迢举行了婚礼，收获了家庭幸福。
反派与配角里，司徒岭因原生家庭扭曲且野心勃勃而黑化，他献祭生灵催动吞天阵，最终被主角团击败，魂飞魄散；从兽不休与二十七解除灵契后选择云游四海，归来后相约钓鱼。
该剧大结局通过身份反转（错换人生）、双向救赎与权力抉择，展现出圆满相守与遗憾落幕交织的情感张力，凭借此剧以黑马之势登顶古装剧榜单，成为年度口碑佳作。
