《重生之门》的结局真相是许正清被捕，他的罪行被揭露，而庄文杰协助警方破案，最终获得了圆满的结局。
在大结局中，许正清猜到了南迁文物藏在魔鬼城，但他在拿到文物之前被警方逮捕。面对警方，许正清起初只承认谋杀庄文杰未遂，对其他罪行一概不认。然而，警方拿出了确凿的证据，揭露了许正清十二年前连害三人的真相，其中包括庄文杰的母亲孟小雨。原来，当年丁生火为了逼迫庄耀柏同意偷取洛神，绑架了孟小雨，导致其哮喘病发离世。
许正清被捕后，警方在他的住处找到了当年捂住孟小雨口鼻的手帕，这使得许正清无法再狡辩。此外，许正清还涉嫌破坏庄耀柏的车子刹车，导致庄耀柏撞毁栏杆，冲入江中，被警方认定已经死亡。但实际上，庄耀柏可能还活着，这给观众留下了悬念。
在结局中，庄文杰提供了重要的线索，帮助警方破解了洛神画背后的秘密，找到了南迁文物的具体位置。罗队在许正清准备去找宝藏的途中将其逮捕。最终，许正清因故意杀人罪等多项罪名被判死刑。
庄文杰在经历了一系列事件后，重新做回了大学生，并与林芷悦确立了男女朋友关系。他的生活逐渐回归平静，但结尾的一条陌生短信又为他的未来蒙上了一层神秘的面纱。这条短信可能意味着他的父亲庄耀柏还活着，为观众留下了无限的遐想空间。
