赤井秀一在第690-691话《工藤优作的未解决事件》中发现了柯南的身份就是工藤新一。
在这一集中，看似连续的案件被定性为盗窃事件，引起了世良等人对警视厅的怀疑。同时，昴先生（即赤井秀一化名的冲矢昴）在她们的谈话中得知了他现在所住房子的主人便是工藤新一。随后，在园子和世良的怂恿下，小兰打通了新一的电话，柯南为了不被发现，急忙躲进厕所。当小兰提到昴先生给新一的留言后，柯南恍然大悟，意识到昴先生可能就是赤井秀一。在柯南推理结束之后，他跑出厕所时，变声器被冲矢昴（赤井秀一）发现，从而被识破了真实身份。
赤井秀一作为FBI的顶级查员，拥有出色的推理能力和洞察力，他通过这一系列的线索和细节，成功地发现了柯南的真实身份。
