黄万里对三峡的主要担心是什么呢，大致有这么几个：
1.长江上游推移质（卵石）非常多，会淤积在库尾，淤废重庆港，造成重庆水患。
2.投资大、淹没移民过大，收不回来，电用不掉。
3.长江中下游防洪可以通过放淤、扬州开新江口等方法来解决。
实际上三峡论证泥沙是重中之重，三门峡的亏吃得太大了。当时预测和模型试验采纳的数据中，推移质的年输运量比黄万里的数据量级小得多，70多万吨，黄万里坚持按亿吨级来算，这是主要矛盾，后来实际也那么多卵石，泥沙也比预期的小得多；根据三峡泥沙模型确实会在长期运用后增加重庆的洪水位，在100年运用的泥沙淤积后百年一遇洪水位上升9米多，重庆方面对此是了解的，也远没有黄万里的说法夸张。
其他人对三峡泥沙问题的主要忧虑是能否保证三峡的防洪库容在长期运用之后依然能保证满足防洪要求。这个三峡的泥沙模型是能满足的，实际中由于长江来沙大幅度减小，即使三峡水库的排沙比没有达到模型设计值，库容损失也是比较小的，可以满足三峡工程的设计目标。
三峡的投资和淹没损失移民问题是三峡论证时期的主要焦点，李锐等人的反对也是基于这个为主的。三峡的实际防洪能力主要是针对中游，可以大大减轻荆江一般洪水的防汛压力，避免极大洪水北溃淹没江汉平原，但是在大洪水情况下，其库容不足以达到不动用中游分洪区的效果，为此还要付出百万人大移民的代价；并且工程艰巨，投资巨大，在三峡论证时是很有疑虑的——葛州坝就搞过工程干一半干不下去改设计的。
然而三峡工程的技术问题在引入90年代世界一流水电技术后被克服了，极大提高了我国水电建设能力，并且投资没有严重超支，也没有拖延工期——按三峡公司的核算，三峡工程的投资在2017年可以收回。当然这个投资主要是三峡工程和前期移民的投资，后续可能发生的费用没算，不过以三峡的发电能力带来的每年数百亿现金流作底，应该是没啥问题的。
上面有人算过，三峡电站的每千瓦造价目前折算约为11000元出头（地下电站的增加装机摊掉不少），这个造价不算特别高，比同样以防洪为主要目标的小浪底便宜（180万千瓦花了41亿美元，那是90年代的美元），二滩水电站按1997年概算计算,每千瓦造价为8651.5元，当然西部很多条件好的电站比三峡便宜——没三峡的水轮机技术引进这些电站也没那么容易建，也没三峡这样的防洪、航运任务。
还有个问题是打仗，三峡挨打了会不会垮这个问题。这个就不说了，把洪泽湖大堤或者小浪底炸了估计死的人可能更多一些。
至于中游的替代防洪手段并非没有实践，比如荆江放淤在上世纪是试验过的，长江王林一山指挥的，效果并不理想，长江水比黄河水清，要大水面才能淤积得下来。扬州开新河那个我就呵呵了，按长三角的人口密度，移民不会比三峡少的。类似还有黄万里的治黄分流方案，实际光黄河滩区就近两百万人，再搞个二滩区出来，河南省要去哭中南海的。
三峡的实际问题：
三峡的后继不良影响主要是两个，一个是对下游江湖关系影响太大，一个是库区地质问题造成移民安置后续问题多，其他与这两个比都是小问题。
1.下游两个大湖的江湖关系恶化。三峡泥沙实际运用问题不在库区而在下游，也并非所预计到崩岸等问题，至少崩岸、塌堤、河势畸变等不利影响没有超过预计。三峡入库泥沙量的大幅度减少和清水下泄主要是造成洞庭湖的问题。洞庭湖是长江的过水湖，长江经松滋、太平、藕池三口分流入洞庭湖，经城陵矶出湖，汛期长江宜昌流量的一半从湖里过，以前的问题是长江泥沙在湖区沉积，和人为围垦一起淤积洞庭湖库容，逐渐削弱其调蓄洪水的能力。三峡清水下泄之后，荆江河道下切，造成枯期分流入三口水量锐减，除松滋口外的两口都可能断流，严重影响湖区农业、生活用水。
三峡论证之初，就有在三口建闸控制洪水泥沙进入洞庭湖的想法，而现在的问题是要全面疏浚挖深洞庭湖的分流河网，以保证洞庭湖沿线枯水季节的供水。
三峡的另一个影响在鄱阳湖，三峡库容偏小，为保证防洪效益要到汛末蓄水，而鄱阳湖水系汛期结束最早，湖区水系枯水和三峡蓄水同期，造成鄱阳湖枯水提前2个月，在枯水年加剧湖区旱情。加上三峡兴利水位比汛限水位高，汛前需要防水腾库容，正好又和鄱阳湖汛期重合。江西方面以此要求建设鄱阳湖湖口控湖工程（本地还有发电、血吸虫控制、鸟类保护区等要求）。
2.库区移民问题。库区后靠移民在移民之初有失去土地之后产业空心化很严重的报道，最近就不清楚了。有一个很明显的问题是库区地质灾害比预期严重得多，部分安置点不得不二次整体搬迁，有个原因是古滑坡体在水位浸泡下重新活化。不过三峡地区本来就地址灾害很多，如此多的新增地质灾害，当时库区的工作确实是没做到位。涉及到移民，尤其是发生水电大开发后多次发生移民引起的群体性事件，三峡移民的后继工作变成重中之重了。
3.三峡对鱼类的影响是很不利的，葛州坝仅仅是隔断了中华鲟洄游线路，三峡是一个大水库，径流调节效果和水温变化影响显著，坝也高得多，一个显著影响是下游四大家鱼产卵量下降，还有一个是中华鲟葛州坝坝下产卵场丧失作用，前者目前通过生态调度（汛期模拟天然涨水过程），得到解决，但是中华鲟就只有靠人工繁殖了。
4.三峡船闸对经济发展水平估计不足，导致船闸提前19年达到设计运力，成为瓶颈。
5.重庆港的泥沙淤积问题，重庆段的泥沙淤积是很显著的，九龙坡港确实搬家了（土地开发的利益也是一个方面），但是泥沙淤积情况从长江泥沙公报来看还算在预计范围内。
6.三峡对长江水质的影响比预期的好，但汛期坝前捞垃圾捞不完绝对是论证时没想到的。
7.三峡作为南水北调水源的想法是有的——那个时候三峡的设计蓄水位是200米。现在的想法是结合抽水蓄能，把三峡水库水提高400～500米，从北岸支流上水库经隧洞进入汉江的南岸支流，利用其上梯级回收电能，方案比较多，目前都还在论证阶段，比较合适的是大宁河调水线路。
