怒江州农业局各科室职责如下：
办公室： 主要负责综合性政策调研课题的组织与协调。 组织协调局机关及各直属单位政务工作。 协助局领导处理日常事务。 负责机关财务、财产管理等工作。
财务科： 负责编制行政、事业费和支农资金预算方案。 安排落实资金并进行管理与监督。 负责机关财务工作，并指导所属单位的财务管理。
种植业管理科： 负责拟定种植业发展中长期规划和年度计划。 提出种植业发展的重大措施和技术推广项目。 组织高稳产农田建设和低产田改良工作。
农业机械管理科： 拟定农机发展中长期规划和年度计划。 引导各类新机具、新技术的推广应用。 负责全州农机安全监督管理工作。
科技教育及政策法规科： 贯彻农业和农村经济政策。 参与政策、法规的调研、起草工作。 负责全州农业行政执法监督、法制宣传和培训。
市场信息与生物创新科： 负责农产品市场体系建设和生物创新工作。 管理怒江农业信息网。 负责农产品市场供求情况、价格调查与预测，以及农业新技术、新信息的搜集、整理与发布。
