佛教（尤其指当时盛行的大乘中观与瑜伽行派）主张人无我与法无我，认为无论是主体还是现象，皆无独立、恒常、主宰性的自性，仅为缘起性的聚合或概念的施设。商羯罗的切入点是认识论上的自身指涉悖论：主张无我这一认知行为本身，预设了一个进行认知、理解、辩论的同一性认知主体。如果这个主体本身也是刹那生灭、无连续性的识的相续，那么理解一个复杂教义、进行连贯逻辑推理、记忆前提并推导结论，便成为不可解释的奇迹。商羯罗认为，这种恒常的、自我明证的见证意识——即阿特曼，是任何认知活动（包括认知无我）得以可能的先验前提。否定了它，就等于否定了否定行为自身的根基，使佛教的整个理论建构悬于虚空。
佛教中观学派以空诠释缘起，认为一切法依缘而起，故无自性，本质为空。此空非虚无，而是对自性见的彻底解构。商羯罗的批判在于，他将空解读为一种本体论上的虚无主义或相对主义。他认为，如果万法本质皆空，那么区分正智与谬误、真理与幻象的根基便告消失。更进一步，认知空性的智慧本身，依佛教说亦是缘起法，其本质亦空。那么，以此空智所证的“空”境，其权威性与确定性何在？这可能导致无限后退与自我消解。
商羯罗对此的回应是提出“梵”作为唯一、不二、纯粹存在的绝对实在。梵是无形无相、无内无外、充盈一切的意识-存在-喜乐。现象世界并非如佛教所言是无自性的“空”，而是梵在摩耶力量影响下显现出的名色幻相。关键在于，幻相并非不存在，而是错误地被我们赋予独立真实性。如同将绳误认为蛇，蛇是假，绳是真。同理，世界是假，但其依托的梵是真。佛教的空只正确破斥了现象世界的独立真实性（“蛇”），却错误地否定了其背后的绝对基质（“绳”即“梵”），堕入顽空。在商羯罗看来，真正的“空”应是现象界自性的空，而非承载一切的“梵”之空。
唯识宗主张万法唯识，外境无非是内识的变现，并建立阿赖耶识作为一切种子与经验的贮藏所。商羯罗肯定其对粗大物质实在性的否定，但指出其不彻底性。他将唯识理论推向其逻辑极端：如果一切皆是识的流转，那么，这个识本身的性质是什么？它是清净的还是染污的？是恒常的还是无常的？若识是刹那生灭的清净识流，则统一性的个体体验与轮回主体难以安立；若识是染污的（与烦恼相应），则解脱所需的纯粹智慧从何而生？商羯罗的核心论点是，唯识宗未能区分绝对意识与个体心理机能。他们将“识”作为一种变动、功能性的现象来探讨，而未追溯其源头。在商羯罗看来，个体心识只是“梵”通过“摩耶”在个体层面的折射或限制性呈现，如同阳光透过不同介质呈现不同色彩。真正的“识”是“梵”本身作为纯粹意识，它是所有个体认知的光源与见证，本身却超越任何心理活动。唯识宗停留在折射光的层面做文章，而未能指向光源本身。因此，其体系中的“转依”与“解脱”依然在相对的心识层面运作，未触及绝对主体。
