相比直接采购，招标本来就会有额外的商务成本，招标买东西比直接采购贵，也是很常见的现象。
包括科研仪器设备在内的很多项目还经常具有定制性强、需多维度考虑等特点。老实讲，要在招标文件里把所有需要的条件写到滴水不漏是有困难的，一不小心就会被某些投标商装空子。去年发布的《中华人民共和国招标投标法（修订草案公开征求意见稿）》[1]给出了“多个中标候选人，并不排序”的想法，可能也是有这方面的考量。
但招标采购也有好处，即接受社会（特别是行业内企业的监督），很大程度上能够防止贪污腐败现象的发生。虽然也不能够完全禁止，但至少很难做得太过分。而且只要整个采购符合流程，采购线上的相关工作人员能够确保自己不用背责任。
效率和公平本来就是矛盾统一的。题主提到的科研设备的采购，个人以为最好还是要有一定的灵活性。比如，一定金额以下的采购可以不经过招投标程序，以提高效率，降低成本；对于确实供应商有限的设备，可以进行单一来源采购，或者不是必须三家投标人才能开标（有些东西说白了全球就没三家供应商生产）。
而廉洁问题，我一直认为，对科研人员的管理，应当“事前信任，发现问题就严格查处”。现在的很多政策，是事前管理特别复杂，像防贼一样防着科研人员；但真的发生问题了，又顾忌单位声誉等因素，常常捂盖子，大事化小小事化了。我认为是极不合理的，需要评价体系从根本上进行调整。
