10／12／2016更新
试用了很多很多软件的ipad版和mac版，包括但不限于：
专看pdf类：pdf expert, pdf markup, goodreader
手写类：notability, goodnotes, noteshelf, notes plus, nobe, upad，墨笔，onenote，zoomnotes
神奇的功能类：
liquidtext，marginnote，carbo，inkflow，noteledge
最推荐的手写软件是goodnotes（ps：给它开发了个新功能，拿它做手绘思维导图，效果很好）
最推荐的看pdf软件是notability。
以下为原稿，谢谢大家的点赞。
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
看完若干个回答，已在用了ipad pro+apple pencil在做笔记了。对于题主的疑问，我要说非常适合。
一直抗拒windows系统真的是它太难用了。一想到呼呼响的风扇（也许苏菲没有），难以接受的发热，以及永远与宣传不符合的充电时间，我就难以投奔windows系统的怀抱。
一.书写感受
最开始本想勉强用个普通的电容笔写写，每次用放大框来书写简直抓狂。后来一时兴起，去买了apple pencil （109欧，合800rmb）（破烂爱尔兰，苹果产品一直贵的夸张。-，-）
回家用了一会，就一点不心疼了。apple pencil太惊艳。可以把ipad pro当一张A4纸直接书写，完全不用放大框哈哈哈，书写感和纸张可以媲美！附图
如果你觉得哪块你需要补充，直接用剪切功能画个圈，挪动到新页面，接着写
不需要的，拿橡皮擦了重写
电脑上搜到的图片，直接复制到去goodnotes （mac版），ipad pro也就同步好了
字体颜色不够显眼，画个圈，直接更改颜色，甚至大小，粗细
不要太爽~~~~
看文献更是，看不清就放大，写小字批注超级方便。
二.使用成本
在计算时间+金钱各项支出后，ipad pro+pencil可以说非常合适，而且划算
首先有人说，ipad pro的钱可以买很多纸，随便用了。
我先前也这么觉得，后来算了个大概的账：
1. 文具 1500元左右（文件夹，笔，装订，打孔，铅笔盒，各种，当然普通笔是买不到这个价钱的，划算的例如白雪，晨光，用着很不开心，很不舒心，我就转向日系文具，因为要在国外用，怕后续跟不上，买了很多备用。很多文件夹，理想中很美好，后来发现能用的并不多。现在发现，我并不是真的多爱买文具，只是担心国外好多东西没有，所以买了一堆以备不时之患）
图片里只是铅笔盒里的，抽屉里还有几倍的数目，种类丰富的夸张-，-
恩，有了ipad pro+apple pencil，我打算卖了全部，就留p500，以及，三菱的旋转铅笔~~~
2. 打印机 最少400+1000rmb； 纸用了4沓，12欧=85元
因为专业词汇量太小，我的打印量特别大，经常打下来，拿笔批注着看
最早和朋友合用一个佳能，买了回墨，40多欧吧，很快没有墨;
之后有个朋友送了我一台epson，wifi功能等于白搭，为了省墨钱,我在ebay买的墨盒，当然效果很差，文字可以看，但是图片很不清楚，很多时候，我需要把彩色图片再打一次，打的更大，去看。有时候在想，要能直接在mac批注就好了。。打彩色本来就很费时间，打完一页，再回看知识很不连贯。
后来，就干脆从国内弄了个连供+自动双面的打印机，佳能的mg3580，刚开始也挺好用的，打个小论文，速度飞快。后来发现这货标准的打起来还可以，精细一点的图片，必须设置高质量打印，慢的能死人。而且在第一次期末考试时，接连打了两百页后，墨盒挂了，我急得都哭出来了，去学校打，估计考试期间打印量太大，打到一半，学校的机器也没有墨了，还吞了钱。。。。
打印机本身就有诸多问题，就不一一赘述了
恩，有了ipad pro+apple pencil，打印机基本可以闲置~~~
3.心累
想想这些糟心的就挺心累的。考试期间，房间都快被笔记讲义快堆满了。做文献综述的时候更是头疼，密密麻麻的字。这只是一学期的打印量，本科时期更多，更夸张。
知识真正记住了吗？
真正记着的寥寥。因为很多东西，都是一扫而过，考完就忘。以至于研究生很多时候都是过去知识的深化，我却一点想不起，有些概念，是高中初中接触的，同样，我也想不起。等到用到的时候，我只能再查再学习一遍。这个工程量很大，也累心。
5. 做笔记
我本科生物，honours生物药，研究生分子药
老外很不重视对知识的梳理，他们的讲义也特别乱，东一榔头，西一棒槌的。以至于我做笔记时，常常有写完想添加，修改的冲动。（在逻辑不清楚的时候，记东西其实很困难。）
最后，一个笔记写下来，往往是这样左拼又改的。誊写好多次，手都快废了
除去心累，时间，金钱的成本，我真心觉得ipad pro很划算。
三。软件优缺点总结
知乎上提及的软件，大概有
goodnotes, notability, notes plus, upad3, noteshelf,onenote
全部试用过,趁着easter，一边写assay，一边整理笔记，目前得出的结论是：
最上选择是：
goodnotes看文献+写手写笔记onenote，看网页资料+手写批注
upad 做日程规划
其他全部弃用
先大致写写各自的优缺点吧：
1. goodnotes
优：
1）搜索功能：目前市面上唯一能搜索手写+打字的软件
2) 套索功能太强大： 不论选择图片或者文字，都可以快照，剪切，拷贝，删除；所有软件目前都是不支持图片部分选中，剪切的，但是goodNotes里，你可以选择快照，让它生成新的图片，再使用。
选中文字时，可以调整大小，颜色，粗细，转换成打印字体，支持各种语言
3）貌似对手写进行了优化,但goodNotes并不是所有软件写字最好看的那个
4）归类方便，无论电脑还是ipad
5）有垃圾桶功能，可以恢复误删或者后悔删除的东西
6）八倍放大，这点看文献尤其重要
7）可分屏 （这点一边看文献/ppt，一边笔记很重要）
缺：
1）归的类别无法调整先后，
2）mac和ipad pro两边同时进行工作时，同步会有冲突
2. upad3
优点：
1) 多种笔，方便一下就点取
从左到右：
圆珠笔（就是粗细始终一致）
钢笔
钢笔（貌似两个钢笔没有什么太大区别）
记号笔
每个笔都可以调整粗细，颜色；很方便，不过用久了，觉得，这个功能不是特别需要。goodnotes里圆珠笔和记号笔就足够
2）放大很清楚，不飘
3）写字蛮好看
4）日程表，下一页就是下一个月份
这个我觉得好有创意：）其他app都木有
7）可分屏
缺点：
1）归档功能特别麻烦，特别麻烦，特别麻烦
2） 没有mac版
3. notability
优点：
1）连贯翻页，也算缺点吧。看文献时候，挺麻烦，但是看ppt又很方便，见（第四部分，3）
2）录音功能：和手写完全同步，这是用的软件里唯一能做到的，和surface下的onenote可以媲美，当录音进行到什么阶段，字就会随着当时的录音一点点出现。
3） 有mac版，同步功能很好，
4） 归类很方便，而且可以轻松地调整顺序
5）网页可直接以图片模式 高清 剪辑进去 （onenote是低清。其他很多软件不支持）
缺点：
1）写字特别特别丑特别特别
2）放大时容易飘
3）系统默认的十多个颜色，不可以更改
4. notesplus
优点：
已在notes plus的官方说明中写全了
1）对准需要删除的目标，来回划，目标就被删除 （用起来并不顺心）
2）套索功能，只需在需要套索的目标画个圈，就可进行包括:转换文本，复制，粘贴，移动，改变目标大小，颜色，笔的样式（圆珠，钢笔，等） （用起来也不是那么顺心）
3）左划可以出现notesplus内置的浏览器，剪切完相关区域，直接往右一拖，就拖到notes plus里。（用处不大）
缺点：
1）包括以上两个优点提及的
2）直接拿ipad pro当a4纸书写，换笔很不方便
放大框书写还好
3）写英文字不错，中文字并不像别的回答中说的那么好看
4）notes plus 写字有种慢慢出现的感觉，说不上来，用了就知道了
4）在A4模式下，写字经常写了不出现，比断笔还难以接受 （所以彻底弃用notes plus)
5）有归档，但不方便
5. noteshelf
这个是在别的提问中看见的，回答的小美女说即使是便宜的电容笔，写字也流畅无比。
我之前用的是ipad air2，用的是10rmb的电容笔,写字（对于我个人而言）很漂亮
放在ipad pro上缺点蛮多：
1.放大框明显分辨率不够
2. 写字不够精细
3. 录音不会同步更新笔记，仅仅是录音
所以noteshelf也弃用
6. onenote
优点：
1）归档功能太强大了，可以下分很多个文件夹
2）网页剪辑 （mac，ipad均可）
可以三种模式
整页：整个网页以图片模式复制过去，清晰度欠佳，但可以看
（notability也可以，只是不支持mac）
区域：顾名思义，就是可以剪切一片去onenote里
文章：会对文字自动优化（然而阅读感受并不好）。重要的是：里面的字都是可以再编辑的。
3）链接可以直接打开（ipad下笔记软件基本都不可以）
4）同步起来很快
5）列表（ipad下笔记软件基本都不可以）
6）无限书写，onenote默认是张无限放大的纸，不细写，大家都懂。
我一般拿这个当草稿纸用，写个文章思路之类
7）不用网页剪辑的话，直接复制粘贴就超级方便。mac上复制粘贴好，ipad上过10多秒就可以一边批注一边看了
缺点：
1）手写笔记，ipad上和mac是有很大偏移的
（图为我在ipad上批注的，mac上无力看）
2）如果是那种无限书写模式，不要指望能打印onenote里的东西（打印默认成a4纸，而且顺序是七零八乱的） pc里可以设置a4纸模式。
3）放大时不顺滑
总结一下：
onenote可以用来：
千万别用来看文献，清晰度很差，而且放大倍数也低。
7.印象笔记，bamboo paper之流~
印象笔记
缺点：
单纯用来书写批注太难受了，谁用谁知道
bamboo paper用的感觉早忘了，因为实在太差，下了就删了
8. pdf expert
有妹子在评论里说的。
优点：
1）划线，划重点很正点
2）mac版同步功能好像不错，mac版超级贵，懒得试用了，因为缺点已经让人弃之敝屣了。
缺点：
1）功能繁杂，上手难
比较像在mac上用adobe 的高级版，划线什么的，很方正。功能比较繁杂。让我想起来大毕业的时候，用adobe的痛苦了。如下图
2）不喜欢黄黄的记号笔颜色，貌似不能调其他颜色
四。应用
1. 看文献 推荐两个
goodnotes > upad3
看文献的基本要求是：
1. 能方便批注，至少两个笔，一个写字，一个划重点
2. 自由放大，缩小
3. 方便管理
4. 偶尔批注时，同时需要写文献笔记，归纳总结一下，需要分屏
这两款无论是普通模式还是放大起来写批注一点都不飘，也不会出现手掌误触。如果忽略，upad3 的归类不便，它不失为goodnotes的替代品
但还是更推荐：goodnotes。
它有mac版，可以直接把文献拖过去，ipad pro就同步了
其他的app用久了，诸多不便会慢慢出现
2. 做笔记：
goodnotes
*****ipad air可选 noteshelf （如果你没有一支好的电容笔）
***因为noteshelf无论什么笔写起来都很流畅，而且字很舒心漂亮*****
仍然强推goodnotes，有它不用考虑其他全部的app了。
why？
1. goodnotes的套索功能完爆upad，放大，改变字体颜色，大小，快照（这个其他app全没有），甚至识别（这个基本没什么用）。对了，goodnotes的套索，是可以剪切任意形状，而有些软件只能剪切方块
2. goodnotes 写字不算最好看，但也不丑（notability就不是） （我都是把ipad pro直接当a4纸书写的，不用放大框）
3. mac同步管理极其方便
4.功能简洁，方便上手，使用
3. 看ppt，或者上课录音
notability
如上所写，notability的翻页是连贯的，其他app都木有这个功能。当你遇到如图的情况，就知道连贯翻页的重要性了
同步的录音笔记功能也是它成为上课必备的app的原因。
4. 写字对比
这块比较主观，看了蛮多知乎的测评，字好不好看还是看个人使用的体验
本来想上图的，后来可能写的字太少，区别并不大，但实际使用上不然
综合下来，
upad和noteshelf写字真好看，前者是接近真实的好看，后者有修正；
notes plus好看，但有种断气的感觉，看的人特着急；
goodNotes也不错
onenote批注还可以
最难看的就是notability
以上都是不用放大框时的使用体验
目前，
goodnotes：1. 看文献（onenote做文献笔记）2. 手写笔记
notability: 看ppt，偶尔写笔记，可以用双分屏模式，一边notability，一边goodnotes
onenote：见第二部分 onenote 的总结
upad3： 写日程
其他：全部弃用。
