来来来到碗里来，正好在准备相关的资料，顺手答下
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首先需要明确相关概念，自贸区有两种解释：自由贸易区和自由贸易园区
大白话版本：小伙伴之间相互约定，以后相互买卖串门，不要搞啥排场规矩，大家好兄弟，东西随便来去。例子如 欧盟、北美自由贸易区。
大白话版本：小兔子家院子里专门开辟了一个开放的休息凉亭，村里所有人都可以去休息游玩，但是从凉亭到院里还要经过小兔子家的狗狗和另一道围墙，大家可以自由去亭子，但是不能随便到小兔子家里。
由于题主没有明确规定到底是哪个概念，我就以功能类似的自由贸易园区来和综合保税区作比较：
综合保税区属于国家海关特殊监管区域中的一类，我国海关特殊监管区域一般包括：保税区、保税物流园区、出口加工区、保税港区、综合保税区、跨境工业园区。我国海关特殊监管区域是具有自由贸易园区性质的特殊经济功能区，或者说是自由贸易园区的中国类型，很多的规章都是中国政府依据自身特点制定的，所以和一般的自由贸易园区有区别。
所以，综合保税区和自由贸易园区的区别属于代系差别，综合保税区等海关特殊监管区域设立出来是借鉴了世界上自由贸易园区的经验，发展中还结合了我们本国国情产生了自身特色，可以算作是自由贸易园区的的一种类型。
结论白话版：综合保税区是还没有修炼成型的自由贸易园区，是还没有长成为青蛙/蛤蟆的小蝌蚪，是专为大中华地区尊享定制的 自由贸易园区0.5版本
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脑洞开了有点刹不住，貌似有点想要跳到上海自由贸易实验区上面去了
